Kształcenie doktoranta w Szkole Doktorskiej kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej. Rozprawę złożyć należy do organu prowadzącego postępowanie o nadanie stopnia doktora. Organami prowadzącymi postępowanie są rady naukowe instytutów. Rozprawy doktorskiej nie należy składać do biura Szkoły Doktorskiej